院长和副院长实行聘任制，理事会公开选拔，由医院举办机构考察审定并聘任，每届聘期为5年，同一岗位连续任期不超过两届。
公立医院将实行全员聘用，所有在岗人员实行合同管理。江捍平说，当下的公立医院因为有行政级别，有些人为追求一官半职忽略了医护人员的本质。在此次改革中，公立医院将打破行政级别、行政管理制度对医院资源配置的制约，建立去行政化的管理制度。推进医院管理团队的职业化建设，使医院院长逐步成为医院经营管理的职业经理人。
在工资福利制度方面，变级别工资为岗位工资，建立体现医务人员技术劳务价值的薪酬标准。医院聘用的员工实行以基本养老保险和年金制度为主要内容的社会养老保障制度。江捍平说，医院还可以建立重点学科特聘岗位制度，采用协议薪酬的方式确定杰出人才和领军人才待遇，让一流人才拿一流工资。
看病费用
章程要求公立医院建立合理价格机制，这项改革的目标是扭转医疗服务价格扭曲的问题，建立有利于引导医院控制服务成本、引导市民到社区首诊。
江捍平表示，这项改革首先是要建立分级收费制度，根据医疗机构等级、医师级别、整体护理等级等因素，制定不同收费政策，目前我市社康中心及一、二、三级医院实行由低到高的四档收费。此外还要提高体现医务人员技术劳务价值的诊疗服务项目价格。但公立医院门诊平均费用和住院平均费用年递增率不高于4%。
信息平台
从今年起，各医院要逐步完善门诊信息管理平台，使医院的门诊服务窗口能为病人提供信息公开、挂号、叫号、报告单打印、满意度评价、投诉管理等“一站式”的优质服务。此外，还将解决外地参保人群不能在深圳医疗机构刷卡就医的问题，以便解决大医院挂号、缴费排长队的问题。
还将推进医院信息化建设，推进“居民健康卡集成系统”与银联系统互联，实现病人自费部分费用的刷卡支付。年底前，所有公立医院推广使用“居民健康卡集成系统”。推广“数字化医院集成管理系统”。全市所有医院使用同一套信息系统，实现信息资源的共享。年底前选取几家医院进行试点。
