在谈到深圳需要有一个综合性产业结构时，樊纲强调既要有强大的服务业，也要有强大的制造业，高端制造业和服务业要齐头发展。樊纲认为，中国的多数城市在下一阶段不仅要有高端制造业，甚至还要有一些低端制造业。樊纲认为，一个城市发展何种产业是由这座城市自身具备的教育水平、基础设施、体制以及融资机构等多种因素客观决定的。深圳在今后相当长一段时期内，在现代服务业越来越占主体之时，第二产业比重要长期保持在30%左右。他以东京和新加坡为例，东京除了现代服务业发达之外，仍然是日本重要的工业城市;而作为服务中心的新加坡，第二产业始终占其GDP的30%左右。
