海协会会长陈云林与海基会董事长江丙坤4日在台北签署了《海峡两岸海运协议》，双方同意相互开放主要对外开放港口作为直航港口，两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可后可以从事两岸间客货直接运输。
根据协议，大陆方面现阶段开放上海、宁波、秦皇岛、厦门等63个港口，台湾方面开放基隆(含台北)、高雄(含安平)、台中、花莲等11个港口。其中位于深圳的蛇口、盐田、赤湾、妈湾等4个港口在大陆开放的63个港口之中。
在船舶识别问题上，双方同意两岸登记船舶自进入对方港口至出港期间，船舶悬挂公司旗，船艉及主桅暂不挂旗。双方同意在两岸货物、旅客通关入境等口岸管理方面提供便利。
根据协议，双方按照平等参与、有序竞争原则，根据市场需求，合理安排运力。双方同意对航运公司参与两岸船舶运输在对方取得的运输收入，相互免征营业税及所得税。
协议载明，双方积极推动海上搜救、打捞机构的合作，建立搜救联系合作机制，共同保障海上航行和人身、财产、环境安全。发生海难事故，双方应及时通报，并按照就近、就便原则及时实施救助。双方航运公司可在对方设立办事机构及营业性机构，开展相关业务。
背景
两岸实现全面“三通”，是大陆方面的一贯主张，两岸海上直航是“三通”的主要内容之一。
1979年8月，交通部明确表示愿就迅速恢复和发展两岸海上客、货运输问题同台湾航运界进行协商，并宣布大陆各对外开放港口均可对台湾船舶开放。
1985年起，大陆方面先后制订和颁布了推动两岸“三通”的7个法规。
1996年8月，又公布了《台湾海峡两岸间航运管理办法》和《台湾海峡两岸间货物运输代理业管理办法》。
1997年4月，福州、厦门至台湾高雄港的试点直航启动，结束了两岸48年来商船不能直接通航的历史，但两岸贸易货物不能由试点直航船舶运送，而须经第三地中转。
1998年起两岸贸易货运船舶经第三地换单不换船，一船到底航行两岸。
2001年，金门、马祖与福建沿海地区的海上客、货运航线开通(俗称“小三通”)，近年来又进一步扩大了实施范围。
2008年11月4日，两会领导人签署协议，双方同意相互开放主要对外港口作为直航港口，两岸船舶经许可后都可从事两岸间客货直接运输。
