自助通关需过两道关，系统先识别港澳通行证，旅客进闸后再识别指纹。可记者现场看到，大家为节约时间，基本上是前者刚进闸进行指纹识别，后者已经将通行证放在识别器上。前面的人一紧张，指纹识别就难顺利进行，而前者未顺利过关，后面的识别系统就无法启用，这样短暂的小僵局经常会出现，又需民警现场干预。
很多市民都是首次使用自助通关系统，不熟练加上不耐烦等待，在选择通道方面也喜欢换来换去，导致现场秩序不是很好。
罗湖口岸：信息采集点较难找
由于做完信息采集可直接办理通关手续，很多趁端午节出行的市民选择了现场办理个人信息采集，只需填一个授权书，然后分别按右、左手大拇指指纹，最后看着摄像头拍个照就可以，全程3分钟左右搞掂。
作为全市通关量最大的罗湖口岸，端午节三天迎送旅客73.1万人次，占到全市客流的41%，光是旅行团就有4700多个。边检方面当然希望一签多行的市民多选择自助通关系统，可以节约警力服务其他客人。
不过，由于该站信息采集中心自5月23日才启用，新的采集地点现在不被广大旅客所熟知，开通一周来原本设计每天2000人次的采集中心，目前每天旅客的采集量约为700人次，只有设计能力的三分之一。
为进一步方便旅客通关，罗湖边检站提醒广大出入境旅客，罗湖口岸信息采集中心位于罗湖口岸二楼出境大厅旅游团等候区(6号门)外侧，于每周周一至周日上午8：00至晚上20：00对旅客开放。
深圳湾：市民呼吁办采集给指南
作为西部最繁忙的新兴口岸，深圳湾口岸日均客流达到9.5万人次，其中港澳旅客达到5.3万人次，占总人数的55%，大量的非港澳客流为疏导工作带来了较大的压力。其使用自助通关市民的情形与福田口岸非常相似，秩序也有待进一步提高。
不过，也有市民提出，边检部门在办理信息采集时，应印制一些自助通关使用指南，免得首次使用的市民手忙脚乱。
