广州南方医院院长耿仁文在接受记者采访时表示：“15%并不是医院能从药品中获得的收入。在实际的管理中，药品在医院里的储运、配置也将产生费用，直接和间接的支出可能高于药价的15%，而且核算相当困难。”
药品在医院的储存和管理会产生附加价值，用药过程必须有医师、药师、护士、收款人员等密切配合才能完成，这些环节的投入并不会随着15%的取消而减少，这必然会影响医院实际收益。
更为关键的是，大部分医院甚至没法弄清楚取消这15%之后，医院的经济状况到底会变成什么样。
记者同多家知名医院的高层管理者沟通后了解到，公立医院由于其事业单位属性，因此很少以企业的标准进行成本核算，而只是计算实际的收入和支出，带有明显的收付实现制痕迹。因此很多医院的利润始终是个谜。
公立医院在历史上大部分资产都是由政府直接投入的，土地、建筑、设备等没有核算其成本及折旧，自然也就无法计算医院的实际利润。一位院长告诉记者，他所在的医院明年准备造一幢新大楼，但医院的利润不够，还需要有国家投入。带有更多社会保障性质的医院，似乎不被看成一个经济实体。
或许也正因为如此，失去药价加成带来的巨大现金流也令公立医院担心。
医院、患者、政府三方博弈
取消15%的药品价格加成，更深层次的信息是政府将更多地参与到医疗服务的结构中来。
卫生部中日友好医院副院长彭明强向记者分析，医院收入主要包括三个方面：药品(包括耗材等)收入、诊疗服务收入、政府补贴。一旦削减药品价格加成，只有靠提高诊疗收入或者政府补贴，才能维持医院的正常运转。
