大围站是马铁的南面总站，亦是马铁与现有东铁的交匯站。车站设有一个交匯月台，藉以将马铁南行月台与东铁南行月台合而為一。乘客毋须再经任何闸机，便可转乘东铁列车前往九龙市中心。
大围站大堂东面兴建的一条行人隧道，连接村南道及新的公共交通交匯处。该行人隧道二十四小时全日开放。
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车公庙站位於车公庙路以北，邻近秦石邨。车站南端兴建一条行人隧道，连接现时位於车公庙路及沙田头路交界的行人隧道，车公庙路南面的行人可使用该隧道前往车站，方便快捷。
沙田围站位於博康邨对开与沙角街平排的铁路专用范围。居民可使用连接沙角邨的行人天桥通往车站，该行人天桥全日二十四小时开放。按此放大
第一城站位於愉田苑与插桅桿街之间。车站南面兴建的一条行人天桥，横越插桅桿街，连接欣廷轩及愉翠苑的高架行人系统。
石门站位於安明街以西。乘客可从安明街、安睦街、安丽街及安群街进入车站。
大水坑站位於锦泰苑对开马鞍山路中央铁路专用范围。新行人隧道把马鞍山路两旁的屋苑和车站大堂连接起来。
恆安站位於恆安邨对开的西沙路中央铁路专用范围。新行人隧道将西沙路两旁的住宅区与车站连接起来。该行人隧道二十四小时开放。
马鞍山站位於马鞍山广场及新港城中心之间的西沙路中央铁路专用范围。马鞍山站跟大部份的马铁车站一样，採用中置式月台，方便乘客於同一月台选乘北行或南行列车。
乌溪沙站是马铁的北行终点站，位於利安邨东端。车站以南设有公共交通交匯处，乘客可利用地面行人通道进出车站。
